Con el inicio de la guerra civil española, en julio de 1936, Ortega se autoexilia y comienza para él una etapa de desazón vital que lo lleva a vagar por el mundo. Primero viaja a París y Holanda, donde pronuncia conferencias en Leiden, La Haya y Amsterdam. Más tarde viaja a Argentina, y allí vive hasta que, en 1942, fija su residencia en Portugal, donde escribirá su trabajo Origen y epílogo de la filosofía, que en principio era una reflexión hecha para que sirviese de epílogo a la Historia de la filosofía de su discípulo Julián Marías.
Con el término de la II Guerra Mundial, en 1945, Ortega regresa a España, pero en los diez años que tardará en llegarle la muerte, su actividad pública queda reducida al mínimo dadas las circunstancias políticas españolas. En 1946 pronuncia un ciclo de conferencias en el Ateneo de Madrid y ese mismo año se comienzan a publicar sus Obras Completas. Puesto que sigue apartado de su cátedra, en 1948, junto con un grupo de colaboradores y discípulos, funda el Instituto de Humanidades, con lo que, de nuevo, el gran maestro que fue Ortega vuelve a ejercer su magisterio ante el público fuera de las aulas universitarias y a invitar a "unos cuantos para trabajar en un rincón" ("Prospecto del Instituto de Humanidades", VII: 21).
Aunque se le permite vivir en España, él no se siente a gusto en su propio país, al que tanto amaba y por el que tanto luchó. A partir de 1950 viajará de nuevo a la Alemania de su juventud, donde ese mismo año mantuvo un debate filosófico con M. Heidegger, en Baden Baden, sobre el hombre y su lenguaje. Continuó su trabajo sin descanso y, en 1955, regresó definitivamente a España. Diagnosticado de cáncer gástrico, y tras una operación sin esperanzas, murió en Madrid el día 18 de octubre de 1955.
Quizás el dato más revelador del significado filosófico y humano de la muerte de Ortega lo proporcione el hecho de que, con motivo de su muerte, otro gran filósofo español, pero de vida y obras tan distintas de las de Ortega, X. Zubiri, escribió uno de sus raros artículos periodísticos. Efectivamente, el mismo día 18 de octubre de 1955 X. Zubiri llamó al diario ABC para pedir que se le publicase una nota necrológica sobre Ortega. Precisamente él, X. Zubiri, a quien la prensa rogaba continuamente su colaboración sin recibirla, pedía ahora recordar la muerte de su maestro y compañero. De este modo, el 19 de octubre de 1955 aparecía en ABC el artículo de Zubiri titulado "Ortega metafísico", en el que se celebraba la obra del maestro con, entre otras expresiones, la siguiente: "En el bracear denodado con la verdad de la vida y de las cosas, Ortega nos enseñó in vivo la radicalidad con que han de librarse, cara a la verdad las grandes batallas de la filosofía. Es lo que perennemente nos une a su espíritu con plena admiración profundo respeto e íntimo cariño" .
Para terminar con este breve bosquejo biográfico de la figura de don José Ortega y Gasset creo conveniente insistir en cómo la vida y la obra de Ortega fueron lo más opuesto que imaginar quepa a las de la caricatura habitual del filósofo —ejemplificada magistralmente en la figura de Tales—, quien, según cuenta Diógenes Laercio, cayó en un hoyo por mirar a las estrellas. No es éste el caso de Ortega, pues a él no se le puede acusar de que, por ensimismarse en sus reflexiones metafísicas, olvidase "la verdad de las cosas y de la vida" en las que vivía inmerso. Justamente el caso de Ortega es el contrario, de modo que en él filosofía y vida están tan íntimamente unidas que prácticamente son inseparables. Fue en este sentido un filósofo "comprometido", en el sentido pleno que el término ‘comprometido’ suele tener en la literatura filosófica existencialista. La multiplicidad de sus intereses intelectuales lo llevó a emprender tal cantidad de empresas culturales, que sería imposible dar cuenta cabal de ellas en un trabajo como éste.
Quizás la mejor prueba de la hondura con que caló su pensamiento en los más diversos ámbitos de la sociedad española la proporcione, con toda exactitud, la confesión de un contertulio suyo, el otro Ortega, el torero Domingo Ortega, quien llegó a confesar que desde que conoció y escuchó a don José Ortega y Gasset toreó mejor .
Me permitirá el lector citar aquí una anécdota que se cuenta del torero Ortega, que muestra hasta qué punto calaron en él algunas de las doctrinas filosóficas del maestro en filosofía y hasta qué punto las supo expresar el maestro en tauromaquia en el lenguaje llano del hombre de la calle. Se cuenta que Ortega, el torero, tuvo una tarde pésima en una corrida celebrada en La Coruña. La prensa gallega puso el grito en el cielo, acusando al maestro de haber ido a La Coruña, de tan lejos, para hacer faenas tan malas. Cuando el maestro leyó las críticas periodísticas a su labor, comentó a su cuadrilla, con una frase que era digna de Ortega el filósofo: "Sevilla está donde está, lo que está lejos es esto". Quizás sea imposible una expresión más gráfica y exacta del perspectivismo del filósofo y, a la vez, más alejada de cualquier tecnicismo filosófico.